基因合成服务常见问题及解答

1. 是否可以提供密码子优化服务?

答: 我们可以提供免费的密码子优化服务, 其内容包括:

a. 根据宿主生物的密码子偏好对序列进行密码子优化.

b. 调整优化后的序列的GC含量, 使之在一个合适的范围之内.

c. 去除单碱基重复, 单碱基重复是指连续的相同碱基, 如'AAAAAAAAA'. 单碱基重复容易导致质粒的不稳定以及测序信号异常.

d. 根据客户要求, 去除限制性内切酶位点.

2. 基因合成的价格是怎么计算的?

答: 我们根据基因的长度计算合成单价, 具体如下

a. 小于250bp的基因, 统一价格为375元/条.

b. 大于等于250bp, 小于3000bp的基因, 价格为1.5元/bp.

c. 大于等于3000bp的基因, 价格为2元/bp.

d. 如果一个月内的合成累计量超过3万个碱基, 则单价可以打8折.

e. 如果一个月内的合成累计量超过10万个碱基, 则单价可以打7折.

f. 以上价格适合绝大多数的基因, 包括一般难度和中等难度. 如果序列中有极端难度的结构,我们需要评估后再给出报价, 如:

1) 具有超过20个碱基的发夹茎部, 这会导致测序信号无法通过.

2) 局部GC含量超过80%, 且连续长度超过100bp, 这会导致测序信号无法通过.

3) 短序列重复(重复单元小于10个碱基)的连续长度超过100bp, 在合成上有一定难度.

4) 单碱基重复超过15个碱基.

3. 合成的基因是否已经克隆到载体上?

答: 是的, 如果客户没有提供克隆载体, 我们默认是将基因克隆到我们自己的载体上的, 这个克隆是免费的, 我们自己的载体是经过改造的pUC19, 氨苄青霉素抗性(或卡那霉素), 高拷贝。

对于小于250bp的序列, 我们的克隆载体是pJWF或pJWR(取绝于插入片段的方向, 这个是随机的), 其序列见文件末尾的附录.

对于大于250bp的序列, 我们的克隆载体是pMV或pKMV(默认用pMV), 其中pMV是pUC19去除了lacZa基因的改造载体, 已经去除大部分多克隆位点上的酶切位点, 非常适合之后的亚克隆操作. pKMV与pMV是一样的, 除了抗性基因由氨苄青霉素改成了卡那霉素. 其序列见附录.

4. 是否可以将基因克隆到我自己的载体上?

答: 可以, 但是要收取额外的亚克隆费用, 其收费标准是: 对于小于1000bp的基因, 我们的亚克隆费用是250元/个, 大于1000bp的基因, 则每增加1kb, 费用增加100元. 我们暂时只接收青霉素抗性和卡那霉素抗性的载体, 对于其它抗性的载体, 则不提供亚克隆服务. 载体需要客户自己提供(我们这边也有一些之前客户存留的载体, 但不推荐使用, 因为序列无法保证), 提供的量不少于1ug, 在气温较高(>25度)的情况下, 最好是真空抽干后再寄过来. 如果我们发现客户提供的载体与预期不符(如浓度太低, 无法酶切, 序列与预期不一致等情况), 我们会与客户协商后决定如何进行下一步.

5. 基因合成的周期是怎样的?

答: 对于一般的基因(无难度), 我们的周期是随着基因长度的增加而增加的, 小于1kb的基因, 一般8-10个工作日就可以完成, 大于1kb的基因, 则每增加1kb, 需要增加约2-5个工作日, 如果是有难度的基因, 则可能需要延长时间, 如果需要延长时间, 我们会及时告知客户. 另外如果需要亚克隆, 也会增加一周左右的时间.

6. 基因合成的长度是否有上限?

答: 严格来说, 是有上限的, 这个上限由载体和宿主决定, 对于大肠杆菌宿主和pUC19及其衍生载体来说, 这个长度一般不大于15kb, 更大的基因也可以合成, 但克隆起来会非常麻烦, 所以, 我们会使用酵母载体, 其长度可以达到几百kb, 合成费用需要询价.

7. 基因合成的流程是怎样的?

答: 基本流程为:

a. 客户发送序列到我们邮箱.

b. 我们给客户报价回复(回复的内容为报价和合同)

c. 客户确认合成或修改序列, 如果确认合成, 则之后就不能更改序列, 如果修改序列, 则回到第一步.

d. 我们开始合成基因

e. 完成后, 发送基因给客户, 内容如下:

1) 真空抽干的质粒, 不少于1ug

2) 一份菌种, 为划线培养的平板菌, 菌种为DH5a

3) 一份纸质报告和一份电子报告, 前者与基因一起送达, 后者电子邮件发送.

4) 一份测序原始文件, 电子邮件发送.

5) 如果是非月结客户, 则发票与基因一起发送.

f. 客户根据发票上的账户转账, 完成整个流程.

8. 我的基因序列是否保密?

答: 您的序列内容我们不会对第三方公开, 其包含的知识产权等权益完全属于客户.

9. 是否会留存合成的基因?

答: 菌种我们会存留1个月, 质粒存留3个月, 在这个时间期限内, 我们可以补发菌种或质粒, 超过期限之后就需要询问了.

10. 开什么类型的发票?

答: 我们开的是普通机打发票, 如果要开增票, 可以开3%的增票, 我们无法开17%的增票.

11. 合成的序列如何保证是准确的?

答: 所有发货的基因, 我们都会进行测序验证, 只有100%正确的结果我们才会发送. 对于已经发送的质粒, 我们还会对留存的同批样品进行复测, 以确保发送的质粒准确无误.

12. 我怎么下订单?

答: 您可以直接将序列发送到我公司邮箱orders@qinglanbiotech.com, 或者在我们公司主页:http://www.qinglanbiotech.com上下载订单表格, 填写之后发送到上述邮箱.

13. 如果基因合成失败怎么收费?

答: 至今为止, 我们的失败订单全部都是由于无法克隆或无法测序全覆盖导致的, 对于前者, 这主要是由于基因序列对宿主(大肠杆菌)有毒性, 除了少数我们可以在接单之前确认无法克隆之外, 绝大部分序列都只能在克隆时才能发现. 一般来说那些自带大肠杆菌启动子的基因尤其容易出现无法克隆的情况, 这是因为我们的载体本身是高拷贝的, 即使启动子功能不强, 也会导致一定量蛋白的表达, 而如果表达的蛋白对细菌代谢产生干扰, 则很有可能无法克隆, 或者导致细菌生长缓慢, 从而无法获得足量的质粒. 对于这种无法克隆的基因序列, 我们给客户两个选择, 一是我们提供测序验证的PCR产物, 收取80%费用, 二是取消订单, 不收取任何费用. 对于基因无法测序通过的情况(一般是因为重复或GC含量过高), 如何收费需要与客户协商, 如果客户取消订单, 则不收取任何费用.

14. 如果合成周期超过预期太长怎么办?

答: 基因合成过程中充满各种未知和意外, 我们有小部分订单会出现拖延的情况, 主要是由以下因素导致:

a. 我们的仪器或试剂出现问题. 基因合成服务中使用了多种精密仪器和试剂, 任何一种出现问题都有可能导致合成无法正常进行. 在这方面, 我们是通过购置多套设备和试剂来解决的. 目前已经比较少出现这种情况. 如果出现这种情况, 一般会延期一周左右, 大部分情况下都能保证在期限之内发货.

b. 基因序列中存在一些特征序列导致. 比如序列中GC含量过高, 可能导致第一次测序无法得到较好结果, 再比如序列中有较强的二级结构, 导致序列无法扩增等.

c. 我们的供应商无法及时提供所需试剂.

d. 以及其它无法预知的情况.

万一出现上述情况而导致延期, 如果我们能在合同期限的10天之内发货, 我们是正常收费的, 如果无法在这个期限内发货, 则需要与客户协商, 解释延迟发货的原因, 并提供必要的折扣.

15. 如果客户中途取消订单怎么办?

答: 如果客户在确认合成前取消订单, 不会有任何问题, 如果在确认合成之后取消订单, 则需要支付由此造成的损失, 一般是48小时之内取消订单, 需要支付30%的订单费用, 以后每增加一天, 增加10%的订单费用, 直至100%为止.

16. 客户如果下单, 需要提供那些信息?

答: 如果是老客户, 需要提供:

a. DNA序列或蛋白序列

b. 基因名称

c. 如果序列需要优化, 则提供宿主和需要避免的酶切位点信息

d. 如果需要亚克隆, 则提供亚克隆载体名称, 序列和亚克隆方式(酶切信息)信息.

如果是新客户, 则还需要提供:

e. 客户姓名

f. 客户联系电话

g. 客户单位

h. 发票抬头

i. 实验室名称(或导师姓名)

j. 送货地址

17. 除了基因合成之外, 你们还提供哪些服务?

答: 目前我们主要是基因合成服务以及与之相应的亚克隆服务, 此外 如果客户有其它分子生物学方面的服务需求, 也可与我们联系, 我们会根据自身的情况决定是否进行合作.

18. 合成好的基因如何送到我手中?

答: 我们都是走顺丰快递, 如果顺丰无法抵达, 则寻求其它渠道.

19. 如果不开发票, 是否可以优惠?

答: 目前我们统一开具发票, 即使您不需要, 还是会开的.

20. 你们能否提供加急合成?

答: 我们暂时还未开通此项服务, 如果客户确实较急, 我们会加班加点完成。

21. 如果我测序之后发现序列与预期不一致怎么处理?

答: 这是一个非常严重的问题, 如果确实是我们这边导致的, 我们会免费为客户提供正确的样品, 不收取此条基因的合成费用, 如果客户已经支付费用, 则全额退还. 那么如何证明是我公司这边的错误呢? 客户需要提供原始质粒的测序文件(如果再克隆或质粒重新转化后挑取单克隆测序都不能作为直接证据, 因为这期间可能会产生错误, 我们不负责这部分错误), 我们在评估测序文件的基础上进行判断, 找出原因之后进行相应处理. 如果无法得到客户满意的答复, 则可以在客户做下一个订单时进行必要的优惠. 此项条款对3个月之内的订单有效(从客户收到基因开始), 超过期限我们不再负责。

附录:

1. 载体序列, 包括pJWF, pJWR, pMV和pKMV(插入位点已标出)

载体一: pJWF

TCGCGCGTTTCGGTGATGACGGTGAAAACCTCTGACACATGCAGCTCCCGGAGACGGTCACAGCTTGTCTGTAAGCGGATGCCGGGAGCAGACAAGCCCGTCAGGGCGCGTCAGCGGGTGTTGGCGGGTGTCGGGGCTGGCTTAACTATGCGGCATCAGAGCAGATTGTACTGAGAGTGCACCATATGCGGTGTGAAATACCGCACAGATGCGTAAGGAGAAAATACCGCATCAGGCGCCATTCGCCATTCAGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTCGTTCGCAGAATTGGGAATCGGTCTCGATCCTCTAGAGTCGACCTGCACAGG

插入基因

ACCGTGCAGGTACCCCGCGTTGTGAGACCGACCTATTGGGCTTGCTATCCCAAGCTTGGCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTAACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCTCTTCCGCTTCCTCGCTCACTGACTCGCTGCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCTCACTCAAAGGCGGTAATACGGTTACCCACAGAATCAGGGGATAACGCAGGAAAGAACATGTGAGCAAAAGGCCAGCAAAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGCTCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTGGCGCTTTCTCATAGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTGTGCACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCAACCCGGTAAGACACGACTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAACAGGATTAGCAGAGCGAGGTATGTAGGCGGTGCTACAGAGTTCTTGAAGTGGTGGCCTAACTACGGCTACACTAGAAGGACAGTATTTGGTATCTGCGCTCTGCTGAAGCCAGTTACCTTCGGAAAAAGAGTTGGTAGCTCTTGATCCGGCAAACAAACCACCGCTGGTAGCGGTGGTTTTTTTGTTTGCAAGCAGCAGATTACGCGCAGAAAAAAAGGATCTCAAGAAGATCCTTTGATCTTTTCTACGGGGTCTGACGCTCAGTGGAACGAAAACTCACGTTAAGGGATTTTGGTCATGAGATTATCAAAAAGGATCTTCACCTAGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAATCAATCTAAAGTATATATGAGTAAACTTGGTCTGACAGTTACCAATGCTTAATCAGTGAGGCACCTATCTCAGCGATCTGTCTATTTCGTTCATCCATAGTTGCCTGACTCCCCGTCGTGTAGATAACTACGATACGGGAGGGCTTACCATCTGGCCCCAGTGCTGCAATAATACCGCGGGACCCACGCTCACCGGCTCCAGATTTATCAGCAATAAACCAGCCAGCCGGAAGGGCCGAGCGCAGAAGTGGTCCTGCAACTTTATCCGCCTCCATCCAGTCTATTAATTGTTGCCGGGAAGCTAGAGTAAGTAGTTCGCCAGTTAATAGTTTGCGCAACGTTGTTGCCATCGCTACAGGCATCGTGGTGTCACGCTCGTCGTTTGGTATGGCTTCATTCAGCTCCGGTTCCCAACGATCAAGGCGAGTTACATGATCCCCCATGTTGTGCAAAAAAGCGGTTAGCTCCTTCGGTCCTCCGATCGTTGTCAGAAGTAAGTTGGCCGCCGTGTTATCACTCATGGTTATGGCAGCACTACATAATTCTCTTACTGTCATGCCATCCGTAAGATGCTTTTCTGTGACTGGTGAGTACTCAACCAAGTCATTCTGAGAATAGTGTATGCGGCGACCGAGTTGCTCTTGCCCGGCGTCAATACGGGATAATACCGCGCCACATAGCAGAACTTTAAAAGTGCTCATCATTGGAAAACGTTCTTCGGGGCGAAAACTCTCAAGGATCTTACCGCTGTTGAGATCCAGTTCGATGTAACCCACTCGTGCACCCAACTGATCTTCAGCATCTTTTACTTTCACCAGCGTTTCTGGGTGAGCAAAAACAGGAAGGCAAAATGCCGCAAAAAAGGGAATAAGGGCGACACGGAAATGTTGAATACTCATACTCTTCCTTTTTCAATATTATTGAAGCATTTATCAGGGTTATTGTCTCATGAGCGGATACATATTTGAATGTATTTAGAAAAATAAACAAATAGGGGTTCCGCGCACATTTCCCCGAAAAGTGCCACCTGACGTCTAAGAAACCATTATTATCATGACATTAACCTATAAAAATAGGCGTATCACGAGGCCCTTTCGTC

其图谱为